W Urzędzie Komisji wyodrębnione są:

1. Pion Nadzoru Rynku Kapitałowego (PNK) - Dyrektor Marek Szuszkiewicz
obejmuje następujące komórki organizacyjne: 
Departament Usług Finansowych, Licencjonowania i Nadzoru Funkcjonalnego (DFL)  
Departament Emitentów (DEM)  
Departament Nadzoru Obrotu (DNO)

2. Pion Nadzoru Ubezpieczeniowego (PNU) -  Dyrektor Iwona Woźniak-Sadek
obejmuje następujące komórki organizacyjne:
Departament Ubezpieczeniowego Nadzoru Systemowego (DNS)
Departament Ubezpieczeniowego Nadzoru Finansowego (DNF)
Departament Monitorowania Ryzyk Ubezpieczeniowych (DMR)

3. Pion Nadzoru Emerytalnego (PNE) - obejmuje następujące komórki organizacyjne:
Departament Emerytalnego Nadzoru Normatywnego (DEN)
Departament Nadzoru Inwestycji Emerytalnych (DNI)
Departament Pracowniczych Programów Emerytalnych (DPE)

4.Pion Nadzoru Bankowego (PNB) - Dyrektor  Andrzej Stopczyński
Z-ca Dyrektora - Krzysztof Broda
Departament  Licencji Bankowych  (DLB)
Departament Nadzoru Sektora Bankowego (DNB)  
Departament Inspekcji (DIS) 
Departament Bankowości Spółdzielczej (DBS)

5. Pion Polityki Rozwoju Rynku Finansowego i Polityki Międzysektorowej (PPM) - Dyrektor Adam Płociński
obejmuje następujące komórki organizacyjne:
Departament Pośredników Finansowych (DPF)
Departament Ochrony Klientów (DOK)
Departament Edukacji (DED)
Departament Analiz Rynkowych (DAR)
Biuro Relacji Zewnętrznych (BRZ)  
Departament Współpracy z Zagranicą (DWZ) 

6. Pion Organizacyjny (POR) - Dyrektor Stanisław Sołtys
obejmuje następujące komórki organizacyjne:
Departament Zarządzania Zasobami Ludzkimi (DZL)
Departament Informatyki (DIN)
Departament Administracyjno – Budżetowy (DAB)
Departament Bezpieczeństwa (DBB)


7. Gabinet Komisji (GKO)

8. Pion Prawno – Legislacyjny (PPL) - Dyrektor Marek Wędrychowski
 obejmujący następujące komórki organizacyjne:
Departament Prawny (DPP)
Departament Postępowań (DPO)

9. Wieloosobowe Samodzielne Stanowisko ds. Kontroli Wewnętrznej (SKW)